Bisserup hed oprindelig Heurlesze Hafn, Hørlis Hafn og frem til år 1700 Hvirvildshavn. Herefter kom navnet Bidserup, nu Bisserup, der er kommet af Bise's torp efter mandsnavnet Bise. Saxo fortæller, at her i fjorden udkæmpede Frode Fredegods far, Fridlev hin Raske, et søslag mod den hallandske høvding, Hvirvild. Hvirvild faldt og blev begravet ved havnen, muligvis på Lods Kroens parkeringsplads, under herredsstenen, - en stor kampesten, der i 1650, af Niels Trolle, blev ophugget og brugt ved opførelsen af Trollholm Kapel ved Venslev kirke. Pladsen blev i gammel tid brugt til udførsel og indførsel udenom kongens havne, altså en slags smuglerhavn. Kong Christian den 4. forbød derfor i 1593 - på det strengeste - at benytte havnen. I forbindelse med krigen mod England i 1807, blev der langs stranden anlagt skanser, hvoraf der stadig kan ses rester. Før 1800 lå der ingen huse neden for Skolebakken, men greve Fr. A. Holsten, Holstenborg (1808 - 1836) satte udviklingen i gang. I 1810 blev der bygget en skibsbro, kornmagasiner m.m. Der kom lods og tolder og i 1832 blev der bygget en kro, der stadig ligger her, skråt overfor Lods Kroen Fra havnen blev der stor eksport af korn, kreaturer og tømmer samtidig med import af øl, kul, Flensborg sten og meget andet. Grev Fr. A. Holstein ville have gang i fiskeriet i Bisserup og fik fat i en fisker fra Sletten i Nordsjælland, Jakob Fisker, der så fik sat gang i fiskeriet, der udviklede sig, så der i 1935 var 40 fiskere, heraf 20 større både og 40 mindre både. I dag er der kun få fiskere tilbage, men havnen er en meget søgt lystbådehavn. Lods Kroen blev bygget i 1935 i den ny funkisstil på den grund, hvor den gamle kros rejsestald lå. Den er senere ombygget og moderniseret flere gange. Byens butik, Brugsen, er en af de ældste i landet (oprettet i 1870) og den eneste brugsforening i Danmark, der har haft landets statsminister som formand, idet greve Ludvig Holstein var konseilspræsident i 1870-74 og samtidig var formand for brugsforeningen. I vinteren 1993 blev byen neden for Skolebakken oversvømmet af en stormflod, hvorved der skete store vandskader på mange af husene. I dag er der anlagt et dige rundt om området, for at man kan undgå gentagelser. Byen har i dag ca. 500 indbyggere, et nyt forsamlingshus og campingplads. Og så er der hertil ca. 400 sommerhuse