'El Topo', en mystisk, sortklædt revolvermand, rider gennem ørkenen med sin søn uden indlysende mål. Da de ankommer til en lille landsby plyndret af banditter, der ligeledes har slagtet byens borgere, beslutter El Topo sig for at tage hævn.

Endnu mere blod vil flyde, for det er kun den første af en række brutale begivenheder på deres rejse. Jodorowskys anden film har påvirket filmskabere som David Lynch, Peter Fonda og Dennis Hopper.